2004年苏希洛总统执政后，印尼政府加大了反恐力度，一部分恐怖分子相继落网，恐怖活动受到一定程度遏制。但少数地区恐怖袭击事件和种族宗教冲突事件仍时有发生。
印尼的禽流感防控形势较为严峻。截至2006年7月，印尼27个省都有发生禽流感的报告，死亡病例已达43例。前往印尼应特别注意饮食卫生，尽量避免前往可能会接触禽类的处所。
印尼雅加达、泗水、日惹、万隆、棉兰、巴厘岛等主要大中城市和地区旅游资源丰富，交通旅游设施完备，是理想的休闲旅游目的地。但值得注意的是，印尼地处环太平洋地震带，地震、海啸等地质灾害较为频繁。日惹（爪哇岛中部城市）在2006年5月27日发生强烈地震后，一些旅游景点和设施严重受损。苏门答腊岛西南部、爪哇岛南部易受地震海啸影响，7月17日爪哇岛南部遭受地震海啸袭击，损失惨重。我公民赴印尼旅游宜参加旅游团，尽量避免前往爪哇岛南部、苏门答腊岛西南部印度洋沿岸及未开发地区做探险旅行。
在印尼海关入境时，个别移民官员收取额外费用。我公民遇到上述情况，可视情妥善处理。如受到不公正待遇，可与我驻印尼使领馆联系以寻求协助。